ETCを利用するとそれだけで料金が割引になる制度があります。割引は各高速道路会社で設定しているため利用する高速道路によって若干の違いがあります。政府の経済対策として導入された土日祝日の上限料金1000円はNEXVO東・中･西日本の管轄道路で東京･大阪近郊区間以外で軽自動車や普通自動車を対象に実施されています。その他割引の詳細については下記を参考にしてください。
| 割引の種類 | 大都市近郊区間 | 地方区間 |
| 深夜割引 | 最大50％ | 最大50％ |
| 早朝夜間割引 | 最大50％ | — |
| 通勤割引 | — | 最大50％ |
| 平日昼間 割引 |
— | 最大30％ |
| 平日夜間 割引 |
最大30％ | 最大30％ |
| 休日特別 割引 |
6-22時最大30％ 0-6時/22-24時最大50％ |
0-24時50％ 上限1000円 |
上記の割引が適用になると具体的のどれくらい得になるかというと、東京⇒沼津の場合通常片道3000円かかりますが、地方区間割引50％と大都市近郊区間割引20％を合わせて値引き後で1700円になります。つまり片道で1300円もお得になります。さらに静岡に行った場合は地方区間の1000円上限が適用になるので4100円が1750円、片道2350円もお得になります。ETC導入には初期費用がかかりますが、こうした割引を考えると初期費用の元は簡単に取れてしまいます。これらの割引以外にもETCマイレージによる高速料金の還元を受けることができるので、ドライバーにとってはETCを利用するのが常識の時代になりました。